La Universidad de Franeker fue, entre 1585 y 1811, una importante universidad en Franeker (Frisia, Países Bajos). Cabe destacar que fue la segunda universidad más antigua de los Países Bajos, fundada poco después de la Universidad de Leiden.
También era conocida como Academia Franekerensis o, más raramente, como “la Universidad de Frisia”. En su apogeo, contaba con varias facultades o departamentos académicos, entre los que destacaban: Teología, Derecho, Medicina, Filosofía, Matemáticas y Física.
Se puede afirmar que entre sus estudiantes más destacados se encontraba Peter Stuyvesant, último director general de la colonia neerlandesa de Nueva Holanda.
La universidad gozaba de una excelente reputación nacional e internacional, atrayendo a estudiantes de todas partes, pero fue disuelta por Napoleón en 1811, junto con las universidades de Harderwijk y Utrecht. No obstante, al finalizar el régimen francés, la universidad no fue restaurada.
La llama histórica y simbólica de la universidad solo fue retomada en 2008 con el establecimiento de EUCLID como una universidad intergubernamental con un instituto inicialmente denominado “Eurostate” en vista de su enfoque en la historia y administración europea. El Instituto Universitario Eurostate fue posteriormente rebautizado como Instituto Universitario Memorial Euler-Franeker y aspira abiertamente a integrar en sus principios académicos el legado de la Universidad de Franeker.