- Jean-Nicolas-Sébastien Allamand (1713-1787), prof filosofie (1747-1749) daarna prof wiskunde en filosofie, Universiteit Leiden
- Lieuwe van Aitzema, geschiedschrijver en diplomaat
- William Ames, theoloog
- Willem Baudartius, theoloog
- Balthasar Bekker, theoloog
- Court Lambertus van Beyma, afgevaardigde van de Friese Staten
- Govert Bidloo, anatoom en lijfarts van Willem III van Oranje-Nassau, Nederlandse stadhouder en koning van Engeland
- Cornelius van Bynkershoek, jurist en rechtsgeleerde, president van de Hoge Raad der Nederlanden
- Steven Blankaart Nederlandse arts en entomoloog
- Johannes Bogerman, prof theologie, voorzitter van de Synode van Dordrecht
- Sebald Justinus Brugmans, prof natuurkunde en wiskunde 1585
- Petrus Camper, prof filosofie, anatomie en chirurgie in 1750
- Johannes Cocceius, prof Hebreeuws en theologie, 1643
- René Descartes (1596-1650), student (1629-1630)[1]
- Johannes van den Driesche, prof Oosterse talen in Oxford in 1575 en in Franeker in 1585
- Sicco van Goslinga, Nederlandse staatsman en diplomaat
- Willem van Haren, dichter en politicus
- Onno Zwier van Haren, schrijver en politicus
- Daniel Heinsius, student en later prof in Leiden
- Tiberius Hemsterhuis, prof Grieks en geschiedenis, 1720–1740
- Ulrik Huber, prof rechten en politiek filosoof
- Theodorus van Kooten, prof Latijnse taal en geschiedenis, dichter en politicus
- Johann Samuel König, prof wiskunde en filosofie, 1744–1749
- Joannes Antonides van der Linden, arts en medisch bibliograaf, 1639-1651
- Sibrandus Lubbertus, prof theologie 1585-1625
- Johannes Maccovius, prof theologie in 1615, zwager van Saskia van Uylenburgh
- Henricus Antonides Nerdenus, prof theologie 1585-1614
- Adriaan Metius, wiskundige en astronoom, buitengewoon hoogleraar in 1598
- Johannes Mulder, (1769–1810) student en later prof in Groningen
- Mattheus Brouërius van Nidek dichter
- Jacob Perizonius, prof welsprekendheid en geschiedenis 1682-1693
- Murk van Phelsum, arts
- Herman Alexander Röell, prof theologie
- Petrus Stuyvesant (1612-1672), gouverneur van Nieuw Amsterdam
- Jean Henri van Swinden, professor natuurkunde en filosofie in 1766
- Christiaan Hendrik Trotz, professor rechten 1741
- Johan Valckenaer, advocaat, patriot en diplomaat
- Lodewijk Caspar Valckenaer, professor Grieks 1741-1765
- Johannes Henricus Voorda, professor rechten 1797-1802
- Willem IV, Prins van Oranje (1711-1781), stadhouder van Nederland
- Eise Eisinga (1724-1828) amateurastronoom die het Eise Eisinga Planetarium in z’n huis in Franeker bouwde, werd later professor astronomie
Bijzonder voor onze instelling is Johann Samuel König die een stevige correspondentie had met Leonhard Euler.
